第1集@@@@ 新一集的剧情在巴拿马索纳监狱(SONA)展开，这里关押的尽是穷凶极恶之徒，法律没有效力，Lechero，一个狡猾的毒贩是这些恶徒们的首领。初来乍到，自然要拜过山头，迈克尔和马宏以及一干新进人犯被带去见Lechero，他早就对迈克尔的所作所为有所耳闻，并对他表现出极大敌意。马宏对迈克尔示好，并提出要求一同逃出监狱，但却被迈克尔拒绝，同时，他们俩也见到了老伙伴--T-Bag，各路“好汉”再次聚首。 同样被投入监狱的前狱警贝利克则过着残不忍睹的生活，没有食物，衣不遮体，还要被迫打扫厕所。但在那里他见到了一个神秘人物韦斯勒(Whistler)，他要求贝利克为他做一件事情，并许以食物相换。 监狱里的争端有一个特定的方法解决--“鸡爪子”，即双方生死相搏，迈克尔被陷害，与一黑大汉相斗。这时，贝利克出现，并把韦斯勒给他的2张字条塞给搏斗的两人。在马宏的帮助下，迈克尔赢得了生死之斗，而黑大汉的死尸被抬出监狱，等候在那里的女子索菲亚(丹妮·加西亚 饰)(Sofia)打开字条，上面赫然写着一串数字和词语。 监狱外，林肯一方面竭力寻找办法救迈克尔出来，一方面也寻找莎拉和儿子LJ。偶然间，他竟接到LJ的电话，告知自己也到了巴拿马，并且要见林肯。 林肯赶到相约地点，见到的却是一个陌生女子，并且得知莎拉和LJ被绑架，只有把一个叫做韦斯勒的男子弄出索纳监狱，才可以拯救莎拉，LJ和迈克尔。林肯与迈克尔见面，并且把这个事情告诉了他。||第2集@@@@ 索纳监狱自从上次暴动后，水资源就一直很紧缺，莱切罗(罗伯特-维斯顿饰演)的权威也因此受到了挑战。迈克尔从贝利克那里得知：韦斯勒(克里斯-文斯)正躲在下水道里面。迈克尔赶去告诉他自己被关在这里就是为了把他弄出去。 监狱外面，神秘女子苏珊和林肯再次见面，要求林肯在一周内，想办法把韦斯勒弄出监狱，并且随时向她报告越狱的进程。痴情男子苏克雷终于登场，他和贝利克碰面，并且用枪威胁他，最终得知其实贝利克根本没有抓住玛丽克鲁兹。另外一方面，监狱中另外的几个美国人也发现了韦斯勒的存在，马洪从麦迪那里得知了韦斯勒的所在，而贝利克和T-Bag则把这个消息出卖给了莱切罗。于是，三方人马在地下水道剑拔弩张，迈克尔，马洪，还有莱切罗的人马，韦斯勒最终被马洪抓住。监狱内终于发生暴动，但麦克想办法打通了监狱的水道，拯救了韦斯勒，也拯救了莱切罗的权威。 林肯由字条上的线索(维拉银行，马德里，1989)跟踪到韦斯勒的女友，并抢到了一本鸟类指南。||第3集@@@@ 林肯把撒拉和LJ的照片交给了迈克尔，迈克尔让林肯告诉苏珊，他必须要和撒拉通话，并策划让林肯去把撒拉和LJ救出来。为了和撒拉通话迈克尔威胁T-BAG“借”来了莱切罗的手提电话，莱切罗虽然不知道是迈克尔和T-BAG偷了电话，但最后还是发现了电话被人动过。撒拉在电话中暗示了迈克尔他所处的位置。林肯赶去找到了他们，但最后撒拉和LJ还是被绑匪带走。 “断药”很久的马宏开始越来越不安，他甚至让他的律师给他搞药，但被拒绝了。韦斯勒这个神秘人物找到了马宏，向他打听迈克尔的情况。然后维斯勒向迈克尔透露了他入狱前的遭遇。他以前结识过一个类似自然学家的人，从那以后就不断的有人让维斯勒带他们去这个自然学家去过的地方，其中甚至包括政府官员。林肯拯救撒拉和LJ失败以后，绝望的迈克尔开始认真策划越狱计划，他似乎发现了点线索。已经等不及要离开的马宏又要求和迈克尔合作，被拒绝以后他威胁要杀死维斯勒。这一段对话被贝利克听到了。 莱切罗发现最近自己身边的人有点不对劲，他怀疑有人搞鬼想夺取他在监狱的统治权。监狱里的二把手很看不惯阿谀奉承的T-BAG，处处对他表现出敌意，而T-BAG也开始计划向他反击。 拯救撒拉和LJ失败的林肯回到公寓，在门口看到了决定离开玛丽克鲁兹之后就开始一直要求和他一起找回那笔钱的苏克雷，之后接到苏珊的电话，并且找到了一个带血的箱子……||第4集@@@@ 林肯整个人都处在了破碎的边缘，纸盒子中放的不是别的，而是萨拉的脑袋，而苏珊更是威胁，如果还有花招，那么LJ的性命也是不保。林肯被逼无奈，再次与迈克尔见面，但是他不敢把萨拉的事情告知迈克尔。而迈克尔则是一心筹划越狱计划，他借来麦迪的十字架，让马洪去寻找一支黑色钢笔，而林肯则必须找到那个掘墓人帮忙。迈克尔用十字架成功制造了停电的假象，并且乘机提出要求更换牢房，而他也成功得逞。贝里克偷听到迈克尔的计划，想要乘机入伙，结果被拒绝，他又想出卖这个秘密，结果更是偷鸡不成蚀把米。监狱外面，林肯把计划报告给苏珊，并且前去买通那个掘墓人，结果谁知掘墓人出尔反尔，最后苏珊为了保密，射杀了掘墓人。得知了兄弟俩的计划之后，索菲亚找到林肯，要求一起行动，而苏克雷也因此得知苏拉的死讯，他最后决定出手，替代掘墓人，参与进了越狱计划。苏珊从林肯手里面拿到了真正的鸟类手册，并且寄给了韦斯勒，里面赫然夹着一张纸条：“你时间不多了！”||第5集@@@@ 夜幕降临，索纳弥漫着死一般的寂静。阴暗的角落里，迈可尔正侦察着高墙内的形势：一只老鼠爬过广场，唦唦作响。狙击手漂亮的一枪，只留下一团血肉模糊的尸体。迈可尔打了一个寒战：看来夜间行动的计划泡汤了。眼看就要到越狱时间的最后期限了。林肯再次与迈可尔会面。迈可尔交待了他打算日间越狱的计划，并再次询问莎拉的消息。林肯编了个谎，迈可尔却露出怀疑的神色。然而越狱在即，两人只好把儿女私情放在一边。 林肯回到酒店，与惠斯勒的女友索菲亚紧锣密鼓地为迈可尔的越狱做准备。事情却未如想象般顺利。而苏克雷“掘墓人”的身份引起了一些神秘人的关注。在金钱的诱惑下，苏克雷答应为他们向狱内运送包裹。 “背包”为了赢取路赛罗的信任，忍受着非一般侮辱和谩骂。最让他感到痛苦的是路赛罗总是能随心所欲的玩弄女人，而他却只能体会欲望的折磨。 迈可尔终于找到了警卫的弱点。他试图利用电器造成的电磁脉冲干扰警卫的电视信号，从而分散警卫的注意力。当一切正如迈可尔计划进行时，意外出现了。一名警卫发现了迈可尔的狙击枪专用望远镜。 一群警卫冲入索纳，质问究竟是谁在用望远镜。迈可尔承认了是自己在观察他们。一把枪立马抵在了迈可尔脑门上，他怎能说出观察警卫的原因。突然，惠斯勒站出来，大声嚷到是自己用望远镜在观察候鸟，并拿出鸟类指南解释。警卫相信了，并没收了望远镜。迈可尔此刻呼出了一口大气。越狱计划愈发困难起来。 林肯和索菲亚发现穿过森林到达索纳的方法行不通，两人只好改走海岸线，却发现能步行至索纳边缘。他们并不知道迈可尔的越狱计划面临着被腰斩的危险。然而，马洪的意外发现，却让迈可尔希望重燃。还有不到24小时，原定的越狱计划就要开始了… 一切却仍是未知数。||第6集@@@@ 此时的michael全神贯注，他正在寻找一个合适的角度，之所以要用四瓶水进入这间牢房，是因为这里既有充足的阳光，又有不被打扰的环境。如果他在鱼龙混杂的广场上拔出匕首，恐怕马上就会惹出乱子来。其实他本来打算再问sandiago借一把类似的金属武器，还亏与他同牢房的那个老女人，省了他很多麻烦，不然的话，sandiago和露茜娅还真不会答应michael那么多看似无理和荒唐的要求。 过不多时，michael的匕首端在半空中，便不再移动了，他已经找好了角度，远处山顶的信号，还在不停地发送着。michael左手端稳匕首，腾出右手来，遮在匕首与阳光之间，遮、放、遮、放，不停地重复，当然节奏有快有慢，短长短短，短短，长，短短短，长长，短短短，翻译成字母，便是“L…I…T…S…M…S”。 lincoln站在山顶不停地发送信号，已经持续了两个多小时，他对照着阳光，不断调整着金属片的角度，同时还要用肉眼扫视监狱，留意是否有所反馈。虽然监狱那边一直没见回应，lincoln却始终没有放弃，他早就做好了发送一整天都无人回应的心理准备，幸运的是，监狱那边终于有一小点刺眼的光亮传来了。同样的信号被重复了不到第三遍，lincoln便发现了它，他马上停止了自己手上的动作，仔细解读对面的信号，对方也会马上知道，山顶已经接受到了反馈。lincoln默默将一个个字母在心中记下，经过几遍重复的校对以后便已确认了信息的意思，“L，it’’s MS.” lincoln现在所要做的，就是发送第二句，当然，意思必须简洁明了，“where is she”这几个字母，不久后就随着lincoln那酸麻的手臂，发送了过去。他原以为弟弟要从Bellick口中撬出Maricruz的下落，还需费点时间，想不到michael立即便作出了回应。michael的回答有些长，lincoln解读了很久，直播终于把所有的字母全都记了下来，随手折根树枝，将字母划在地上，细细看了一遍，因为简短，有些词用了缩写，所以理解起来需要一些时间。||第7集@@@@ 其实决斗的事情只是一个幌子，迈克尔虽然很悲伤，但是他的真正目的是借决斗的喧哗来掩盖越狱的意图。三点，是双方约定决斗的时刻，但此时两人却会暗度陈仓，实行越狱。谁知道这一切最终弄巧成拙，虽然一个狱警最终被迷倒，但是阳光却没有给予他们足够的时间。迈克尔和韦斯勒只能够暂时退回囚室，并且没有时间掩盖他们越狱的痕迹。两人最终被迫决斗，而就在韦斯勒要对迈克尔实施致命一击的时候，循迹而来的狱警出现了。狱警杀了一个囚徒杀鸡儆猴，并且警告莱切罗如果不能管教好其他人，那么就会找个人取代他。暴怒的莱切罗抓走迈克尔，但是出人意料他却要求迈克尔继续实行他的计划，并且带他一起走，因为他再监狱的统治权已经受到威胁。监狱外，越狱的失败使得林肯只能强夺人质，但是他和苏克雷使尽全力也没有救出LJ。苏珊来到监狱探访一个神秘人，而那人竟然是韦斯勒，而韦斯勒要求多给兄弟俩四天时间，而这一切都被迈克尔看在眼里。||第8集@@@@ 苏珊答应给兄弟俩多4天时间去筹划越狱，但是组织可没有那么好的耐心。将军出现了，并要求苏珊强行把韦斯勒救出来，至于兄弟俩和韦斯勒的女朋友——他们已经没有利用价值了。监狱里面，守卫正在用强化钢加强各处的窗门，而莱切罗和迈克尔一众人则继续筹划新的越狱计划。莱切罗和迈克尔虽然是暂时结成利益同盟，但是却有各自的想法，更别提心怀鬼胎的韦斯勒了，他已经知道组织会强行营救他，他只需要在5点的时候出现在天台上就可以了。迈克尔通知林肯他会面临危险，而经过枪战后脱险的林肯和苏克雷告知迈克尔组织已经派出杀手来杀他们了。迈克尔突然意识到这意味着组织有其他方法来营救韦斯勒，他跑到天台上并且阻止了韦斯勒逃跑，而组织派出的两架直升机也只有无功而返。监狱守卫被这次的越狱彻底激怒，他们认为一切都是缘起于迈克尔，并且决定把他带离这个监狱——迈克尔的命运又将陷入一片迷雾中。||第9集@@@@ 索纳监狱迎来了一个新的监狱长，而他高压的政策逼迫迈克尔说出了整个事情的真相。监狱长无法相信这个离奇的故事，于是他把威斯勒也抓来和迈克尔对峙，最终威斯勒也经受不住刑罚，招认参与越狱。监狱外，林肯继续夹在苏珊和迈克尔中间绞尽脑汁，而苏珊出现并且带他见了LJ,展现了一定程度上的善意。而苏克雷为了挣钱养活老小，再次接受了送货去索纳监狱的差事，他并不知道送的那个盒子里面放着一支手枪，监狱内外针对黑帮老大莱切罗正策划者一个阴谋。迈克尔想办法联系到了林肯，并且靠这条讯息让监狱长抓到了苏珊。苏珊，威斯勒，迈克尔三方对峙，监狱长终于相信了这个故事，并且找人设法去救LJ。但是事情发展并没有那么顺利，苏珊把他们引入了一个陷阱，杀掉了监狱长，再次用LJ的性命威胁林肯。监狱长的死使得威斯勒和迈克尔重返监狱，加上之前回来的马宏，一切似乎回到了个原点。||第10集@@@@ lincoln不是应该已经回美国了吗？难道又有何变故？michael百思不得其解，只得耐下心来解读信号的含义。 原来前一天lincoln与michael取得联系后，决定立即赶回美国，解救maricruz。巴拿马飞往美国的航班不多，lincoln只要搭最早的一班飞机回美国，不管降落在哪个城市，再想办法转搭飞机去目的地，如果近的话，直接租辆车赶过去也行。还好，巴拿马首都国际机场——土库曼机场，就座落于城东11公里处，从北郊的sona附近赶过去，也才40多公里，lincoln早上9点多下山，步行到达公路，又沿着公路走了30多分钟，便搭上了一辆去机场的车，中午时分，已赶到土库曼机场。 lincoln一进机场，直奔各航空公司的售票窗口，从服务小姐处得知，当天去美国的航班，都已在中午之前起飞了，午后最早的一班，便是当晚9 点11分起飞的“红眼航班”，目的地是洛杉矶，幸好，离自己要去的地方并不远。现下急也没有用，正好利用这段时间，好好观察整个机场。当服务小姐询问他是否要出票时，lincoln礼貌地拒绝了。当lincoln进入巴拿马境内时，他的身份是一个逃犯兼偷渡客，现下身上只有伪造的身份证明，钱也不够，又怎能去买飞机票？他的计划是想办法混上飞机，所以要“好好观察整个机场”。||第11集@@@@ 在逃中格雷琴(Gretchen)绑架了索菲亚，为了逼迫维斯勒告诉公司他们想要的情报。迈克尔被人威胁提前越狱时间，在晚上便进行越狱。麦克格雷迪 (McGrady)参加到了越狱行动中来，T-Bag和勒切洛组成联盟，而贝利克希望与马宏组成联盟。林肯和苏克雷在外协助。但是，苏克雷却因为自己化名的问题遇到了麻烦。只是延迟了三十秒，越狱计划却受到严重威胁，贝利克、勒切洛和T-Bag威胁迈克尔先让他们跑，要不然就杀了维斯勒。||第12集@@@@ 地狱还是水中勒切洛、贝利克和T-Bag正要逃跑时，电源供应又接上了，他们被逮了个正着，勒切洛被射伤。迈克尔、维斯勒、马宏和麦克格雷迪却因此逃了出来。他们在水中躲避公司的追查。正当林肯与格雷琴商量新的交换协议时，维斯勒却因为害怕而逃跑了。||第13集@@@@ 交易的艺术迈克尔和林肯很快抓到了维斯勒，这样就可以用他交换L.J和索菲亚的生命。迈克尔计划在博物馆进行交易，希望公司的人能在要离开前被枪击制服。迈克尔制定了相应的逃跑计划。但是，当索菲亚中枪后，迈克尔与公司的人陷入了混战。麦克格雷迪回到了在哥伦比亚的家里人身边。索那监狱的警察发现了苏克雷身份后，把他投入狱中。T-Bag在杀了勒切洛以后，想要获得监狱的最高领导权。马宏决定再次加入公司中。索菲亚伤势开始好转，迈克尔离开了他的兄弟，想找到格雷琴，为萨拉报仇。
